O Vale-Transporte (VT) constitui benefício que o empregador antecipará ao trabalhador para utilização efetiva em despesas de deslocamento residência-trabalho e vice-versa.
A concessão do Vale-Transporte autoriza o empregador a descontar, mensalmente, do beneficiário que exercer o respectivo direito, o valor da parcela equivalente a 6% (seis por cento) do seu salário básico ou vencimento.

Não terá direito ao vale-transporte durante o período o empregado que não comparecer ao trabalho por:

* Motivo particular;
* Atestado médico;
* Férias;
* Por compensação de dias em haver ou dias abonados em banco de horas;
* Licenças (maternidade, paternidade, remunerada, não remunerada e entre outros).

Assim, não prevalece a alegação do empregado de que se utilizou do VT para comparecer ao médico, tentando assim justificar o não desconto ou a não compensação em determinado dia, já que a lei é clara no sentido da utilização exclusiva para deslocamento residência-trabalho-residencia.

Se o empregador já adiantou o vale referente a determinado mês e o empregado não comparece por um dos motivos acima, veja aqui como o empregador pode proceder para não precisar arcar com o custo indevido deste benefício.
Fonte: Blog Guia Trabalhista